Natura hindamine tuleb teha alati, kui eelhinnangu põhjal ei ole võimalik välistada kavandatava tegevuse olulist mõju Natura ala kaitse eesmärkidele

Riigikohus rõhutas, tuginedes nii Euroopa Kohtu kui enda varasemale praktikale, et juba pelgalt kahtluse korral, et projekt võib kahjustada Natura 2000 võrgustiku ala kaitse-eesmärke, tuleb läbi viia teaduslikel tõenditel põhinev põhjalik Natura hindamine. Seejuures ei oma tähtsust, kas mõjud on kaudsed või otsesed – ka kaudsed mõjud nt müra, inimtegevusega kaasnevate häiringute või veerežiimi muutuse näol võivad olla samamoodi olulised nagu elupaiga otsene hävitamine ehitustegevusega.

Riigikohus selgitas, et Natura hindamise oleks tohtinud tegemata jätta vaid juhul, kui eksperdi selgelt väljendatud järeldused ei jätaks üles mingit teaduslikult põhjendatud kahtlust selle kohta, et häiringud võiksid olla olulised. Ekslik oli seega ringkonnakohtu seisukoht nagu oleks Natura hindamine olnud nõutav üksnes juhul, kui ekspert oleks eelhindamise käigus tuvastanud olulise negatiivse mõju. Antud asjas järeldas KMH töörühma ekspert mõjusid hinnates, et raudtee rajamine ja toimimine võivad halvendada Luitemaa linnuala kaitse eesmärgiks olevate linnuliikide merikotka, must-toonekure ja metsise elupaikade kvaliteeti. Riigikohtu sõnul ei olnud seega oluline mõju linnuala kaitse eesmärkidele välistatud ja Natura hindamine oli nõutav.

Natura hindamine ei tohi olla lünklik ning peab hajutama kõik teaduslikult põhjendatud kahtlused kavandatud tööde mõju suhtes

Riigikohus leidis, et keskkonnamõju strateegilise hindamise käigus küll uuriti raudtee mõju must-toonekurgedele, merikotkastele ja metsistele, kuid need uuringud ei asenda Natura hindamist. Kogutud andmeid Luitemaa linnuala loodusväärtuste kohta pidas Riigikohus lünklikuks. Sealjuures polnud ammendavalt hinnatud, milline on Luitemaa linnuala kaitse eesmärgiks olevate linnuliikide olukord ja nende elupaikade seisund linnualal tervikuna ning kuidas mõjutaks raudtee linnuala terviklikkust. Samuti ei olnud kaitstavate linnuliikide kohta kogutud andmed ajakohased ning kogutud parimaid võimalikke meetodeid kasutades. Riigikohus rõhutas, et Natura hindamise aruande järeldused ei tohi sisaldada lünki ning peavad hajutama kõik teaduslikult põhjendatud kahtlused kavandatud tööde mõju suhtes. Samuti pole õige osaliselt uuringuid edasi lükata –  strateegiliste valikute tegemiseks vajalik teave olemasoleva keskkonna kohta tuleb välja selgitada arendustegevuse võimalikult varases staadiumis keskkonnamõju strateegilise hindamise käigus.

Riigikohus ei nõustunud ka vastustaja väitega nagu saanuks Natura hindamist teostada tagantjärgi kohtumenetluse ajal. Riigikohus selgitas, et kuna haldusmenetluses ei kogutud õiguspärase kaalutlusotsuse tegemiseks vajalikke andmeid, ei ole võimalik tehtud viga kõrvaldada uute tõendite kogumisega kohtumenetluses. Vastasel juhul asuks kohus haldusmenetluses uurimata jäänud olulisi asjaolusid hindama ja nende alusel kaalutlusõigust teostama täitevvõimu asemel, mis oleks vastuolus võimude lahususe põhimõttega.