Mõnikord tekivad Natura 2000 alade maaomanike ja looduskaitset
elluviivate ametkondade vahel keerulised olukorrad, sest puudub ühine arusaam,
mida regulatsioonid lubavad ja mida keelavad. Arusaamatused võivad tekkida näiteks
seoses rändlindude tekitatud kahjustustega põllumaadele, suurkiskjate rünnetega
kariloomadele, aga ka poollooduslike koosluste majandamise, metsanduse või
ehitamisega.
Küsimused, mis on tekkinud seoses maakasutusega, oleme jaganud kolme
suuremasse rühma: