Enne arendustegevusega (sh ehitamisega) alustamist tuleb nõu pidada Keskkonnaametiga, kes aitab leida eksperdi, et hinnata tegevuse mõjusid looduskaitseala kaitse-eesmärkidele. Hindamise käigus selgitab ekspert välja, kas tegevusel võib olla negatiivne mõju nendele elupaigatüüpidele või liikidele, kelle kaitseks on ala moodustatud ja kas see võib seega ohustada ala terviklikkust. Kui selgub, et ehitada on võimalik ka kaitstavaid väärtusi kahjustamata, võib plaani ellu viia.
Ehitussoovi korral tuleb esimese asjana pöörduda Keskkonnaametisse, kes saab anda infot konkreetsel alal elavate liikide või kaitstavate elupaigatüüpide ja nende kaitsenõuete kohta. Selle põhjal saab plaanida edasisi tegevusi, nt tellida ehitusprojekti koostamist või taotleda omavalitsusest planeeringu algatamist.
Igal juhul tasub taoliste tegevuste planeerimisel nõu pidada Keskkonnaametiga. Kuna kõikide looduskaitsealade kohta ei ole võimalik ühtseid tingimusi välja töötada, siis hindab Keskkonnaamet iga juhtumi puhul eraldi, milline on tööde võimalik mõju elupaigale või kaitsealustele liikidele ja kas tegevus on lubatud või mitte. Seadus ütleb, et tee rajamisel, loodusliku kivimi või pinnase teisaldamisel ja teiste looduskaitseseaduse §-s 33 nimetatud tegevuste korral tuleb esitada Keskkonnaametile teatis töö aja ja iseloomu kohta üks kuu enne tööde alustamist. Keskkonnaamet hindab kuu aja jooksul tööde vastavust kehtestatud nõuetele ja annab teada, kas tööd on lubatud, keelatud või tuleb tööde teostamisele seada lisatingimused.
Kaitsekorraldusega seotud otseselt vajalikud tegevused on kirjas konkreetse ala kaitsekorralduskavas. Toetuse saamisel on need tegevused maaomanikuga eraldi kokku lepitud ning need võib maahooldaja täiendava Keskkonnaameti kooskõlastuseta ellu viia. Muudel juhtudel hindab Keskkonnaamet tegevuse võimalikkust juhtumihaaval.
Erametsad Natura looduskaitsealadel võivad kuuluda nii sihtkaitsevööndisse kui ka piiranguvööndisse. Sihtkaitsevööndis enamasti tulu teenimisele suunatud raied lubatud ei ole. Piiranguvööndis sõltub raie võimalikkus sellest, kas alale jääb olulisi liike või elupaiku. Kui neid keskkonnaregistris ei ole, siis võib metsa majandada sarnaselt tavapärasega. Siiski tuleb järgida kehtivates kaitsekorralduskavades sisalduvaid nõudeid ja üldist põhimõtet, et tegevus ei tohi isegi kaudselt ohustada ala kaitse-eesmärki. Kui ala on kaitse alla võetud looduskaitseala, rahvuspargi või püsielupaigana, võivad raiepiirangud tulla ka kaitse-eeskirjadest või looduskaitseseadusest. Kaitse-eeskirjaga võidakse piiranguvööndis seada piiranguid ka raielangi suurusele ja kujule ning metsa vanuselisele koosseisule, kui see on vajalik koosluse või selles vööndis oleva kaitsealuse liigi säilimiseks.
Looduskaitseliste piirangute tõttu saamata jäänud tulu hüvitamiseks saab erametsaomanik taotleda toetust.